Город построен в XIII веке венецианцами на берегу залива Мирабелло. Город получил своё название в честь Святого Николая.
Находится в 63 км восточнее столицы острова Ираклиона, к северу от города Иерапетра (36 км) и западнее города Сития (73 км).
Сейчас Агиос-Николаос один из крупнейших туристических центров Крита. Экономика города основана в основном на обслуживании иностранных туристов и выращивании оливок и производстве из них оливкового масла.
В городе находится одно из двух пресноводных озёр Крита — озеро Вулисмени.
Население около 8 тысяч жителей.